Creo que una forma de hacer eso en Notepad++ es mediante expresiones regulares (RegEx).
Ejemplo:
Teniendo el siguiente texto:
% Hola Hola
Nota: Coloca un carácter especial al inicio del texto, en este caso es el ‘%’
Dentro del cuadro de diálogo Reemplazar colocarías lo siguiente:
Buscar: (%)(.*)(.)
Reemplazar con: \3\1\2
Habilitas la opción Expresión regular, repites la operación (reemplazar) hasta que el texto sea invertido completamente.
Espero que sea de ayuda
Estoy de acuerdo con @MAPJe71 , postearlo en inglés aumentará tus posibilidades de obtener más respuestas.